Das Erbgut des Menschen ist entziffert

Die Supercomputer von Compaq ermöglichen einen Meilenstein in der Genforschung

Wien (pts025/04.07.2000/13:39)

Am vergangenen Montag, den 26. Juni 2000, präsentierten Forscher von Celera Genomics, dem Sanger Forschungzentrum, dem Whitehead Institut und nationalen Forschungszentren gemeinsam das, was sie die "Arbeitsversion" des menschlichen Genoms nannten. Die Lage von drei Mrd. Paaren der vier Basen Adenin (A), Cytosin (C), Thymin (T) und Guanin (G) ist jetzt zu 97 Prozent bestimmt. Ein Erfolg, der erst durch den Einsatz der Rechnerkapazitäten der Compaq AlphaServer unter Tru64 UNIX und TruCluster möglich wurde.

Seit dem Start des Projekts zur Entschlüsselung des menschlichen Genoms Anfang der 90er Jahre war Compaq maßgeblich daran beteiligt, die Rechnerkapazitäten für die riesigen Datenmengen bereitzustellen. Im Laufe der Zeit entstand so die größte nicht-staatliche Supercomputing Facilty der Welt.

Bei den entscheidenden Berechnungen kamen auch die brandneuen AlphaServer GS160 zum Einsatz, weil die komplizierten Algorithmen und die enormen Datenmengen 64 GB Shared Memory verlangten, um erfolgreich zu laufen; insgesamt waren mehr als 600 Alpha-Prozessoren, die in jeder Sekunde beinahe eine Billion Operationen durchführten, damit beschäftigt, die DNA-Fragmente rechnerisch wieder zu einem sinnvollen Ganzen zusammenzusetzen.

Durchbruch früher als erwartet

Den Hintergrund für diesen erst in fünf Jahren angepeilten Durchbruch, den manchen Forscher der Erfindung des Rads gleichsetzen, bildet die gigantische Zunahme der Rechnerkapazitäten in den letzten Jahren. "Ein Genom, für das wir früher ein Jahr brauchten, sequenzieren wir heute in zwei Stunden", sagt Craig Venter, Chef von Celera Genomics. "Während noch 1995 ein Computer elf Tage über den Daten brütete, ist er heute nach fünf Minuten fertig."

Compaq als treibende Kraft

Heutzutage geben sich die Fortschritte in der Biotechnologie und im High Performance Computing die Hand. Diese Entwicklungen hat Compaq schon frühzeitig erkannt: Im Sanger Forschungszentrum ebenso wie im MIT Forschungszentrum Whitehead, wo nicht nur Server-Infrastrukturen, sondern auch Speichermanagementlösungen auf Basis Compaq StorageWorks zur Verfügung gestellt werden. Der jüngste Beitrag von Compaq am "Human Genome Project" war ein Cluster aus AlphaServer ES40 mit 100 CPUs und einem Terabyte Speicher, der im Compaq Enterprise System Lab in Littleton, Massachusetts für die Genforschung bereitgestellt wurde.

Compaq gründet europäisches Center für Technical Computing
Um die Verfügbarkeit von High Performance Computing auch in Europa weiter auszubauen, gab Compaq beinahe gleichzeitig die Errichtung des ersten High Performance Technical Computing (HPTC) Solution Center in Annecy, Frankreich bekannt. In diesem neuen Solution Center sollen richtungsweisende Supercomputing-Lösungen für rechenintensive Programme in den Bereichen wissenschaftlicher Forschung, Industrie und Geschäftsanwendungen entwickelt und implementiert werden. Dieses neue Solution Center spielt auch eine Schlüsselrolle in der Umsetzung des simulierten Atomtestprogramm der französichen Atomenergie-Kommission (CEA).

Zum Einsatz kommt ein Alpha-Supercomputer, der mehr als sieben Mal leistungsfähiger ist als die derzeit in Europa existierenden Supercomputer. Das System nutzt eine Gesamtrechenkapazität von 5 TeraFLOP - das sind fünf Milliarden Operationen pro Sekunde, die von mehr als 2.000 Alpha Prozessoren ermöglicht werden -, um die Sicherheit und Verfügbarkeit des französischen Atomwaffenarsenals zu garantieren, ohne neue Atomwaffentests durchführen zu müssen. Darüber hinaus wird der Supercomputer Wissenschaftlern für Studien zur Verfügung gestellt werden. (Ende)